در ماه ژانویه سال ۲۰۰۵ خانواده سابانجی (دومین خانواده ثروتمند ترک) از طریق شرکت سابانجی هولدینگ اقدام به خریداری خطوط هواپیمایی پگاسوس نمود، که در پی آن، علی سابانجی به مدیرعاملی شرکت پگاسوس منصوب شد. وی دو ماه بعد، نوع فعالیت پگاسوس را از یک شرکت هواپیمایی چارتر، به شرکت هواپیمایی ارزانقیمت تغییر داد. در ماه نوامبر ۲۰۰۵ این شرکت ۱۲ فروند هواپیمای بوئینگ ۷۳۷-۸۰۰ را سفارش داد، که در نوامبر ۲۰۰۸ تمامی ۱۲ فروند را تحویل گرفت. بعد از مدتی بر اساس تقاضای بازار هواپیماهای بوئینگ ۷۳۷-۸۰۰ از ۱۴۹ صندلی به ۲۱۵ صندلی بوئینگ ۷۳۷-۹۰۰ ارتقا داده شد.
شرکت پگاسوس در سال ۲۰۰۷ بیشترین مسافر را به عنوان خطوط هواپیمایی خصوصی در ترکیه جابهجا کرد و در سال ۲۰۰۸ در مجموع به ۴٫۴ میلیون مسافر خدمات پروازی رسید.
در سال ۲۰۱۲ هواپیمایی پگاسوس به عنوان دومین هواپیمایی بزرگ ترکیه معرفی شد، که در ناوگان هواپیمایی خود بیش از ۱۰۰ فروند ایرباس ای۳۲۰، ۵۷ فروند ایرباس ای۳۲۰-نئو و ۱۸ فروند ایرباس ای۳۲۱ را در اختیار دارد. این شرکت همچنین اولین مشتری ترکیهای هواپیمای ایرباس ای۳۲۰-نئو است، که بزرگترین قرارداد هواپیماهای تجاری بین خطوط هواپیمایی ترکیه محسوب میشود.
مدت زیادی نگذشت که به تعداد مسافران ایرلاین پگاسوس به حدی افزوده شد که هواپیماها و جت های مسافربری خود را افزایش داد و به دومین شرکت هواپیمایی محبوب و معروف ترکیه تبدیل شد. یکی از افتخارات این هواپیمایی این است که به عنوان نخستین شرکت هواپیمایی در ترکیه، هواپیمای ایرباس نئو۳۲۰ را خریداری کرده است. در سال ۲۰۱۲ ایرلاین پگاسوس با خرید بخش چشمگیری از سهام هواپیمایی قرقیزستان از ایر ماناس، موفق شد در سال ۲۰۱۳، نخستین هواپیمای خود را به عنوان پگاسوس آسیا معرفی کند.
ایرلاین پگاسوس با ارائه ی سیستم low cost tickets، علاوه بر این که اولین ایرلاین در ترکیه است که این سیستم را ارائه داده است و از طریق سیستم، هزینه پذیرایی و کیترینگ در هواپیما را حذف کرده و به جای آن، بلیط هواپیما را با قیمت ارزان تری به مسافرین خود ارائه می دهد.هواپیمایی پگاسوس از ایران به همه شهرهای ترکیه پرواز چارتری ارائه می دهد.